游戏故事发生在名为缤纷大陆的神秘世界，这里居住着形态各异的生物——奇兵。一直以来，各族奇兵和平相处，直到黑暗势力的觉醒。黑暗之源幽冥王苏醒，意图征服整个世界，将其笼罩在黑暗之中。这一事件成为整个缤纷大陆陷入战争泥潭的起始点。
为了对抗强大的黑暗势力，各族奇兵开始集结力量，寻找传说中能够引领他们获得胜利的光明使者。玩家在游戏中扮演的正是这位拥有无限潜力的光明使者，你需要招募各种奇兵，组建一支无坚不摧的军队，向黑暗势力发起挑战。
正当光明使者联合各族奇兵，准备对黑暗军团发起总攻时，一个意想不到的背叛事件让整个局势变得更加复杂。原来，一直以来，幽冥王的影子已悄悄渗透进了部分奇兵的心中，这些被腐化的奇兵在关键时刻背叛了光明势力，使得一场本应一触即发的决战变得扑朔迷离。
在背叛与迷茫之中，光明使者并没有放弃希望，而是在众人的帮助下，开始寻找能够逆转战局的关键。这一系列的冒险使他们发现了缤纷大陆隐藏的秘密——古老的元素之心。元素之心拥有强大的自然力量，是平衡生与死、光与暗的关键。光明使者与他的伙伴们通过解开一系列谜题和挑战，最终觉醒了元素之心的力量。
有了元素之心的力量，光明使者重新集结了各族奇兵，甚至那些曾经背叛的奇兵也重新找回了光明之心，一同站在了抵抗黑暗势力的前线。经过一场史诗般的战役，幽冥王终于被击败，黑暗势力被清除，缤纷大陆重新迎来了和平与光明。
虽然黑暗势力被暂时击退，但游戏的结尾却暗示着战争并未真正结束。缤纷大陆上依然存在着被黑暗势力遗留下的种种隐患与敌人。光明使者与他的奇兵伙伴们需要继续守护这片大陆，对抗可能出现的一切威胁。
手游口袋奇兵战争之源通过其层层深入的剧情设计，为玩家提供了一个充满挑战与惊喜的游戏世界。每一个剧情转折都让玩家深深地沉浸在这个充满魔幻与冒险的世界中，不断探索和发现新的奥秘。这不仅仅是一场游戏之旅，更是一次关于勇气、智慧与友谊的心灵之旅。
